儿童的心肌缺血的病因可以归纳为两大类；
第一类：就是各种因素导致的心肌细胞本身发生了一些损害，比如说常见的感染性的因素，儿童最常见的一些感染性的疾病，或者常见的感染的病原体，比如说细菌、病毒、支原体、或者立克次氏体等等,那么这些感染到了心肌都可能会出现心肌缺血。还有就是相关的理化因素，比如说服用了特殊的毒物或者是一些药物，可以导致相关的一些心脏的毒害，也可以出现这种心肌缺血的表现。还有一些理化性的损伤，如长时间的放射线的照射，也可以造成不同程度的心肌缺血。
第二类：儿童心肌缺血的原因就是冠状动脉病变的因素，因为冠状动脉是攻击本身心肌的血液给它提供养分的，成人比较常见的冠心病，就是因为冠状动脉病变才导致的心肌缺血。在儿童也是会有冠装动脉病变的，但是不同于成人的冠装动脉粥样硬化，儿童常见的冠状动脉病变主要常见的川崎病的冠脉病变，出现了巨大的冠状动脉瘤，后期出现了冠状动脉的狭窄可以导致心肌缺血。
还有就是儿童期的一些结缔组织病，或者是全身性的血管炎出现冠状动脉的内皮炎，后期也可能会出现冠状内膜的增厚、或者有斑痕的形成出现冠状动脉狭窄，导致冠状动脉的血流出现了不同程度的减低，那么也会出现心肌发生不同程度的缺血。
还有一些是先天性的冠状动脉病变，比如说先天性的左冠状动脉起自于肺动脉，或者是冠状动脉起自于对侧的冠状窦，还有冠状动脉走形的异常，比如说先天的冠状动脉瘘，或者是心肌桥等等，都有可能会使冠状动脉的管腔或者说它的血流受限，那么这些情况也可以导致心肌缺血的发生。
