随着结肠镜的诊治数量的快速增加，尤其是镜下治疗范围的扩大，安全性的问题已经显现出来。由于结肠镜诊治适应症选择不当、诊治前准备不足、操作者经验缺乏等原因，结肠镜诊治过程中有可能发生以下的并发症：
1、肠壁穿孔；
2、肠出血；
3、肠系膜、浆膜撕裂及脾破裂；
4、心跳骤停，呼吸抑制。
虽然这些并发症的发生率很低，但一旦发生，就会给受试者带来不必要的痛苦，不必要的经济支付，甚至是威胁生命。并发症的结果与及时发现和处理是否正确密切相关。因此，早期发现是非常重要的。结肠镜检查后，如果有持续的腹痛或便血，必须通知医生，以便尽快采取措施。
